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近年、日本近海の浅海の海藻が死滅する「磯焼け」が進み、海藻を餌とする魚などの生態系にも影響して漁獲量が減るなど、深刻な問題になっています。その原因はいまだ明確には解明されていませんが、ウニや植食性魚類などの食藻生物の増殖、海流の変化や河川水の流入、海岸の環境汚染等が考えられています。磯焼け対策として様々な取り組みも行われ、食藻生物の除去やコンクリートブロックを海底に置いて海藻が付着しやすい環境を作るなどの対策を取っている所もあります。また、海流の変化による磯焼け対策として海底植林などの取り組みを行っている地域もあります。いったん藻場が消失すると、回復には長期間を要すると言われ、漁場を守るためにも磯焼け対策は全国の海岸地域で真剣に取り組むべき課題となっています。